Героем поэмы является молодой черкес. Еще ребенком, как пленного, его вез в Тифлис один генерал. Дальняя дорога плохо отозвалась на слабом здоровье дитяти. Ребенок занемог, не принимал пищи, томился и уже, казалось, приближался к смерти. Из жалости его призрел один монах из грузинского монастыря. Сначала ребенок дичился, тосковал. Но время от времени освоился с новой обстановкой и даже стал понимать чужой язык; его окрестили и уже он собирался дать монашеский обет. Но вот однажды он пропал. Его нашли без чувств лежащим в степи, бледного и совершенно больного.

Снова принесли в монастырь. Здоровье его стало ухудшаться. И вот однажды, когда пришел к нему чернец, он рассказал ему о своей жизни и чувствах, пережитых за свою короткую жизнь. Он жаловался на свое одиночество, на то, что он «никому не мог сказать священных слов «отец и мать». Он тоскует, видя у других «отчизну, дом, друзей, родных», все то, чего он сам был лишен с детства. Его не удовлетворяет тихая однообразная жизнь монастыря; он жаждет свободы, жаждет деятельности и борьбы; он мечтает «о чудном мире тревог и битв», «где люди вольны, как орлы». Он рассказал о своем бегстве из монастырских стен на родину, к родным людям, живущим вольной жизнью на лоне природы. И буря, во время которой он скитался, для него не была опасна.

Так сильна в нём была жажда свободы. Во время трехдневного странствования ему пришлось терпеть и голод, и холод. Но это был его выбор. Там, на свободе, он встретил девушку-горянку, столкнулся с барсом, схватка с которым чуть не закончилась для него смертью, но он мужественно сражался и убил его, хотя получил многочисленные смертельные ранения. Силы покинули ему, и он лежал долго без чувств, пока опять его не нашли монахи. Мцыри долго говорил чернецу о тех красотах вольного мира, которые манили его.

В конце своей предсмертной исповеди, Мцыри, чувствуя близость конца, прощается с чернецом и просит перенести свое тело в сад, откуда виден родной Кавказ.